Vamos a suponer que tu nuevo dominio es midominio.com. Empieza con esto:

sudo nano /etc/nginx/sites-available/midominio.com

dentro del archivo añadismos este codigo:

server {
  listen 80;
  server_name midominio.com www.midominio.com;

  location /.well-known/acme-challenge/ {
      root /var/www/html;
  }

  location / {
      return 200 'Certbot validation';
      add_header Content-Type text/plain;
  }

}

Ejecutar esto:

sudo ln -s /etc/nginx/sites-available/midominio.com /etc/nginx/sites-enabled/

Ejecutar:

sudo nginx -t

Si te dice que está todo OK:

sudo systemctl reload nginx

sudo certbot --nginx -d midominio.com -d www.midominio.com